Un preziosissimo sarcofago ebraico del XV sec. d.C., oggi utilizzato come fonte battesimale, e otto formelle ritraenti scene dell'Antico Testamento sono custoditi all'interno della cappella del Battistero. La vasca reca degli stemmi reali spagnoli e un'epigrafe ebraica che recita: "Nell'anno 1475: Samuele, figlio di Rabbi Yôna Sib'ôn. Riposi in Paradiso".
. Si tratta di uno dei più antichi reperti archeologici che testimoniano la presenza ebrea in Sicilia. Quest'opera d'arte lascia pensare alla trascorsa esistenza a Siculiana di una sorta di giudecca di cui nessuno ha mai trovato traccia. Siculiana fu porto franco e quindi zona di asilo per gente, come gli Ebrei, che praticava attività a volte illecite per le quali era perseguita dalle autorità regie. La statuaria annovera una moltitudine di simulacri, così come numerose sono le raffigurazioni pittoriche sia su tela che su intonaco. Raffaello Politi affrescò la volta dell'unica navata del Santuario. Copiando l'opera della Sistina del Michelangelo, dipinse la creazione di Adamo, la creazione di Eva e la tentazione dei progenitori. Sono certamente dell'artista siracusano altre opere tra cui il Sacro Cuore e il Cristo che guarisce il cieco nato. Un autentico pezzo d'arte domina imponente la navata dalla loggia sovrastante il portale della Chiesa: si tratta del magnifico organo a canne "Vincenzo Mascioni" del 1939, che ha ritrovato il suo antico splendore a seguito di un accurato restauro dopo decenni di silenzio. Circa gli esterni, la facciata è incompleta, mancando del fastigio in stile con la parte inferiore.
La Festa del SS. Crocifisso culmina con solenni festeggiamenti il 3 maggio. I fedeli già molti giorni prima del 3 maggio si recano all'antico santuario, svolgendo il tradizionale "viaggiu mpiduni" ; ovvero percorrendo chilometri a piedi scalzi, per sciogliere davanti al Crocifisso nero la propria promessa votiva. La Statua del Crocifisso nero di Siculiana, ha una lunga storia: secondo la tradizione popolare il prezioso simulacro era diretto a Burgio. Durante il trasporto, alcuni carrettieri sostarono in una locanda, proprio nei pressi del castello Chiaramonte di Siculiana. Un cieco sedendosi sulla cassa contenente la statua, guarì miracolosamente. Ravvisando in ciò un segno divino, i siculianesi pretesero di tenersi il crocifisso: lo ottennero dopo aver vinto una singolare sfida con i burgitani.